Mokyklos atsiradimas Naisiuose siejamas su grafų Zubovų pavarde. Jie Šiaulių ekonomijoje, o tuo pačiu ir Naisiuose, įsikūrė XVIII amžiuje. Iki to laiko Naisiai priklausė valstybės iždui. Po I pasaulinio karo Naisių dvaras tapo Aleksandros Zubovaitės-Fledžinskienės nuosavybe.
Istoriniuose šaltiniuose teigiama, jog Vladimiras Zubovas rūpinęsis, kad jo dvaruose galėtų mokytis vaikai. 1904 metų sausio 8 ir 13 dienomis jis rašo laiškus Kauno gubernijos liaudies mokyklų direktoriui Aleksandrui Lebedincovui. Laiškuose grafo prašymas leisti pradėti vaikų mokymą privačiose liaudies mokyklose, kurias jis jau esąs suprojektavęs, ir žadąs būti šių mokyklų globėju. Prašyme pabrėžiama, kad jo dvaruose Ginkūnuose, Naisiuose, Medemrodėje, Dabikinėje norima steigti mokyklas darbininkų, tarnautojų vaikams. Be to, prašytojas rašo, kad norėtų mokyklas atidaryti jau 1904 metais.
Rašoma, kad liaudies mokyklų inspektorius M. Kuznecovas netruko patikrinti padėtį grafo Zubovo dvaruose, pateikti duomenis Kauno gubernijos liaudies mokyklų direktoriui. Inspektoriaus nuomone, mokyklas būtina atidaryti dar šiais 1904 metais.
Tuo metu Naisių dvare dirbo 20 šeimų, kuriose buvo 40 mokyklinio amžiaus vaikų. Artimiausios mokyklos – už trijų varstų.
1904 m. balandžio 19 d. Vilniaus švietimo įstaigos globėjo nurodymu leidžiama grafui Zubovui atidaryti jo dvaruose keturias vienaklases pradines mokyklas. Tada V. Zubovas kreipėsi į Kauno gubernijos liaudies mokyklų direktorių, prašydamas priimti į Naisių dvaro mokyklą mokytoją Aną Gusevą, baigusią Sankt Peterburgo progimnaziją, buvusią dvaro valdytojo E. Gaidamavičiaus vaikų mokytoją. Spalio 8 d. prašymas patenkinamas.
1904 m. spalio 8 d. Naisių dvare įkurta V. Zubovo pradinė mokykla.
1915 metais, Lietuvą okupavus vokiečiams, pirmoji mokykla perorganizuota į štabą, o 1917 metais, vokiečiams traukiantis iš Lietuvos, medinė mokykla sudegė.
Sudegus pirmajai Naisių mokyklai, kuri buvo netoli Gaidamavičių namo, ji buvo perkelta į poeto namus.
1927 metais mokykla perkeliama į Daunorų kaimą, kur veikia iki 1930 metų. Nuo 1930 m. rugsėjo 1 d. vėl buvo perkelta į Naisius, į buvusį grafo Zubovo kumetyną ir veikia iki 1943 metų. Moko mokytoja Regina Jasaitienė.
1943 metais mokykla vėl perkeliama į Daunorus, į ūkininko Motiejaičio sodybą. Čia be Reginos Jasaitienės dar dirbo Benediktas Daraška, Albina Ivanauskaitė ir Bronius Krištopaitis. 1947 m. rugsėjo 1 d. mokykla vėl grąžinama į Naisius, į Žuko ir Petraičio sodybas. Žuko name veikė pirma klasė ir kartu gyveno mokytoja Regina Jasaitienė su šeima. Petraičio name veikė antra klasė ir apsigyveno mokytoja Zuzana Girdvainienė. 1948 metais Petraičio name įkuriama antra klasė, o mokytoja paskiriama Aldona Tamutytė, kuri dirba iki 1949 m. liepos 1 d.
1949 metais rugsėjo 1 d. įkuriama septynmetė mokykla. Pirmąja direktore skiriama Regina Jasaitienė.
1949–1950 m. m. buvo 1–5 klasės.
1950–1951 m. m. jau buvo 1–6 klasės.
Nuo 1955 m. iki 1964 m. pradinė mokykla veikė Antano Balniaus sodyboje. Mokytojavo Ignas Penkauskas, kuris tame name gyveno iki mirties.
Nuo 1961 m. įkuriama aštuonmetė mokykla.
1964 metais pristatomas medinis priestatas, o 1964–1965 m. m. Naisiuose sukomplektuojama pilna aštuonmetė mokykla.
1978 m. pradėta statyti naujoji mokykla, kuri buvo baigta statyti 1980 m. rudenį.
1991 m. rugsėjo 1 d. reorganizuojama į devynmetę mokyklą.
Nuo 1999 m. rugsėjo 1 d. veikia dešimtmetė pagrindinė mokykla.
2012 metais keičiamas mokyklos pavadinimas – Šiaulių r. Naisių mokykla.